Lahaja ya Lambda: Chanjo ya Chanjo na inayoambukiza zaidi?

Uchambuzi wa data ya umma

Takwimu juu ya nasaba za SARS-CoV-2 na tarehe ambayo sampuli ilichukuliwa kutoka kwa mfuatano unaopatikana kutoka Chile zilipatikana kutoka kwa tovuti ya Consorcio Genomas CoV2 inayopatikana katika https://auspice.cov2.cl/ncov/chile-global. Takwimu za chanjo zilipatikana kutoka kwa data ya umma kutoka kwa Wizara ya Sayansi, Teknolojia, Maarifa na Ubunifu inayopatikana katika https://github.com/MinCiencia/Datos-COVID19 (Bidhaa 83).

Jaribio la uambukizi

Virusi vya kudanganywa vilivyobeba protini tofauti za spike za SARS-CoV-2 ziliandaliwa kama tulivyoelezea hapo awali¹². Kwa kifupi, pseudotypes zenye msingi wa VVU-1-msingi wa SARS-CoV-2 zilitengenezwa katika seli za HEK293T kwa kuhamisha pNL4.3-ΔEnv-Luc pamoja na pCDNA-sambamba ya SARS-CoV-2 Spike coding vector katika 1: 1 molar ratio. Plasmids kuweka kiboreshaji kilichoboreshwa na kodoni kukosa asidi ya mwisho ya amino 19 ya mwisho wa C-terminal (SΔ19) inayojulikana ili kuzuia kubaki kwenye endoplasmic reticulum¹² zilipatikana na usanisi wa jeni au mutagenesis iliyoelekezwa kwa wavuti (GeneScript) na ilikuwa na mabadiliko yafuatayo: ukoo A (mlolongo wa kumbukumbu), ukoo B (D614G), ukoo B.1.1.7 (-69-70, -144, N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I, S982A, D1118H), ukoo P.1 (L18F, T20N, P26S, D138Y, R190S, K417T, E484K, N501Y, D614G, H655Y, T1027I) na ukoo C.37 (G75V, T76, T246I 252, L452Q, F490S, D614G, T859N). Kila utayarishaji wa pseudotype ulisafishwa na centrifugation saa 3,000 rpm kwenye joto la kawaida, iliyohesabiwa kwa kutumia VVU-1 Gag p24 Quantikine ELISA Kit (R&D Systems), iliyotajwa katika 50% ya serum ya bovine serum (Sigma-Aldrich) na kuhifadhiwa -80 ° C mpaka tumia. Kiasi tofauti cha virusi vilivyodhibitiwa (kama ilivyoamuliwa na viwango vya protini ya VVU-1 p24) vilitumika kuambukiza seli za HEK-ACE2 na masaa 48 baadaye, shughuli ya firefly luciferase ilipimwa kwa kutumia Luciferase Assay Reagent (Promega) katika Glomax 96 Microplate luminometer (Promega).

Mtihani wa kutoweka upande

Majaribio ya kupunguza virusi ya bandia yalifanywa haswa kama tulivyoelezea hapo awali¹². Kwa ufupi, upunguzaji wa mfululizo wa sampuli za plasma (1: 4 hadi 1: 8748) ziliandaliwa katika DMEM na 10% ya seramu ya bovine ya fetusi na iliyowekwa na 5 ng ya p24 ya kila virusi vya pseudotyped wakati wa 1h saa 37 ° C na kisha, 1 × 10⁴ ya seli za HEK-ACE2 ziliongezwa kwa kila kisima. Seli za HEK293T (hazionyeshi ACE2) zilizowekwa na virusi vya pseudotyped (ukoo A) zilitumika kama udhibiti hasi. Seli zilitiwa lys masaa 48 baadaye, na shughuli ya firefly luciferase ilipimwa kwa kutumia Luciferase Assay Reagent (Promega) katika Glomax 96 Microplate luminometer (Promega). Asilimia ya kutoweka kwa kila dilution ilihesabiwa na ID50 ya kila sampuli ilihesabiwa kwa kutumia toleo la GraphPad Prism 9.0.1.

Uchambuzi wa takwimu

Uchunguzi wa takwimu ulifanywa kwa kutumia toleo la programu ya GraphPad Prism 9.1.2. Ulinganisho wa vikundi vingi vya kupunguza vichwa vya kingamwili (NAbTs) dhidi ya jopo la virusi vya pseudotyped za SARS-CoV-2 na pia kulinganisha majibu ya NAbs kwa jinsia na hali ya moshi zilifanywa kwa kutumia jaribio lililowekwa saini lililowekwa saini la Wilcoxon. Mabadiliko ya mambo yamehesabiwa kama tofauti ya jina la kijiometri lenye maana katika kitambulisho₅₀ ikilinganishwa na ile ya virusi vya aina ya pseudotyped. Uchambuzi wa uhusiano kati ya NAbTs na umri au BMI ulifanywa kwa kutumia mtihani wa Spearman. Njia moja ya ANOVA na jaribio la kulinganisha la Tukey lilifanywa kwa uchambuzi wa takwimu za uambukizi. Thamani ya p -0.05 ilizingatiwa kama muhimu kitakwimu.

Idhini ya maadili

Itifaki ya utafiti iliidhinishwa na Kamati ya Maadili ya Kitivo cha Tiba huko Universidad de Chile (Miradi N ° 0361-2021 na N ° 096-2020) na Clínica Santa Maria (Mradi N ° 132604-21). Wafadhili wote walitia saini idhini iliyo na habari, na sampuli zao hazikujulikana.

Athari za mabadiliko ya miiba katika lahaja ya Lambda juu ya kuambukiza na kupunguza majibu ya kingamwili

Uchambuzi wa mlolongo wa 3695 kutoka Chile uliowekwa kwenye GISAID kama Juni 24^th 2021 inaonyesha utawala dhahiri wa anuwai ya SARS-CoV-2 Gamma na Lambda wakati wa uhasibu wa miezi mitatu iliyopita, pamoja, kwa 79% ya mlolongo wote.

Jambo la kufurahisha ni kwamba kipindi hiki kimekuwa na kampeni kubwa ya chanjo ambapo asilimia 65.6 ya watu walengwa (wenye umri wa miaka 18 na wazee) wamepokea mpango kamili wa chanjo mnamo Juni 27^th 2021

Kwa kuzingatia kwamba 78.2% ya watu waliochanjwa na mpango kamili walipokea chanjo ya virusi isiyoamilishwa CoronaVac kutoka kwa Sinovac Biotech, tulitaka kuchunguza athari za mabadiliko ya spike yaliyopo katika tofauti ya Lambda juu ya uwezo wa kudhoofisha wa kingamwili zilizotokana na chanjo hii.

Kwa hili, tulitengeneza virusi vya pseudotyped vyenye msingi wa VVU-1-msingi wa SARS-CoV-2 iliyobeba protini ya spike kutoka kwa ukoo wa kumbukumbu ya Wuhan-1 (Aina ya mwitu; ukoo A), mabadiliko ya D614G (ukoo B), na Alfa (ukoo B .1.1.7), Gamma (ukoo P.1) na aina ya Lambda (ukoo C.37).

Wakati wa utayarishaji wa virusi, tuliona mara kwa mara kuwa seli zilizoambukizwa na virusi vya bandia zilizobeba kiboho cha Lambda zilitoa viwango vya juu vya bioluminescence ikilinganishwa na mabadiliko ya D614G au anuwai ya Alpha na Gamma inayoonyesha kuongezeka kwa uambukizi unaosababishwa na protini ya spike ya Lambda

Kielelezo 1.Uambukizi unaosuluhishwa na protini tofauti za spike.

(A) Uwakilishi wa kimkakati wa protini ya spike ya SARS-CoV-2 na anuwai zilizotumika katika utafiti huu. Meli zinaonyeshwa katika mabano. RBD, kikoa kinachofungamana na kipokezi, CM; mkia wa saitoplazimu.

(B) Uwasilishaji wa bandia za kila ukoo ukitumia viwango sawa vya VVU-1 p24. Shughuli ya firefly luciferase ilipimwa kama vitengo vya mwangaza wa mwangaza (RLU) kwa masaa 48 baada ya kuambukizwa. Wastani na SD walihesabiwa kutoka kwa jaribio la mwakilishi mara tatu.

Ifuatayo, tulitumia virusi vilivyotambuliwa hapo juu kufanya majaribio ya kutosheleza kwa kutumia sampuli 79 za plasma kutoka kwa wafanyikazi wa afya wenye afya kutoka Universidad de Chile na Clínica Santa María huko Santiago, Chile.

Tuliondoa sampuli 4 kwani hatukuweza kuhesabu jina la ID50. Kutoka kwa sampuli zilizochambuliwa, 73% ililingana na wanawake, wastani wa miaka 34 (IQR 29 - 43) na kiwango cha juu cha mwili (BMI) cha 25 (IQR 22.7 - 27). Asilimia 20.5 ya washiriki walitangazwa kuwa wavutaji sigara wakati kipindi cha chanjo kilidumu. Sampuli zilipatikana kwa wastani wa siku 95 (IQR 76 - 96) baada ya kipimo cha pili cha chanjo ya CoronaVac

Tuliona kuwa kutoweka kwa virusi vya bandia iliyobeba protini ya spike ya mwitu ilisababisha dilution ya kuzuia 50% (ID₅₀maana ya jina la 191.46 (154.9 - 227.95, 95% CI,), wakati ilikuwa 153.92 (115.68 - 192.16, 95% CI), 124.73 (86.2 - 163.2, 95% CI), 104.57 (75.02 - 134.11, 95% CI na 78.75 (49.8 - 107.6, 95% CI) kwa virusi vyenye majina yaliyobeba protini ya spike kutoka kwa D614G mutant au aina ya Alpha, Gamma na Lambda, mtawaliwa.

Tuliona pia kwamba jiometri inamaanisha jina la kitambulisho₅₀ vyeo vilipungua kwa sababu ya 3.05 (2.57 - 3.61, 95% CI) kwa virusi vilivyodhibitiwa vilivyobeba Mwiba wa Lambda, 2.33 (1.95 - 2.80, 95% CI) kwa Mwiba wa Gamma, 2.03 (1.71 - 2.41, 95% CI) kwa spike ya Alpha na 1.37 (1.20 - 1.55, 95% CI) kwa spike ya D614G ikilinganishwa na spike ya aina ya Pori.

Hakuna uhusiano kati ya ngono, umri, faharisi ya molekuli ya mwili (BMI) au hali ya moshi na kupunguza vichwa vya kingamwili vilivyozingatiwa katika kikundi chetu cha utafiti.

Kielelezo 2.Jaribio la kukataa kutumia sampuli za plasma kutoka kwa chanjo ya CoronaVac

(A) Mabadiliko katika hati ya kurudisha 50% ya kitambulisho (ID₅₀katika sampuli za plasma kutoka kwa wapokeaji 75 wa chanjo ya CoronaVac dhidi ya D614G (ukoo B), Alpha (ukoo B.1.1.7),

Gamma (ukoo P.1) na aina ya Lambda (ukoo C.37) ikilinganishwa na virusi vya aina ya mwitu. Matokeo yanaonyeshwa kama tofauti katika hati za kuhesabu za sampuli zinazolingana. Thamani za P kwa kulinganisha kitambulisho₅₀ zinahesabiwa na mtihani wa saini ya Wilcoxon.

(B) Viwanja vya sanduku vilionyesha kiwango cha wastani na interquartile (IQR) cha kitambulisho₅₀ kwa kila virusi vya majina. Mabadiliko ya mambo yanaonyeshwa kama tofauti ya jina la kijiometri lenye maana katika kitambulisho₅₀ ikilinganishwa na zile za virusi vya aina ya pseudotyped. Uchunguzi wa takwimu ulifanywa kwa kutumia mtihani wa kiwango cha saini za Wilcoxon.

Kwa pamoja, data yetu ilifunua kwamba protini ya spike ya aina mpya ya masilahi inayotambuliwa ya Lambda, inayosambaa sana nchini Chile na nchi za Amerika Kusini, inabeba mabadiliko yanayotoa kuongezeka kwa uambukizi na uwezo wa kutoroka kutoka kwa kinga za kinga zilizochukuliwa na CoronaVac.